Cancer Gene Census(CGC)는 암과 관련된 돌연변이를 포함하는 유전자를 분류하고 이러한 유전자의 기능 장애가 어떻게 암을 유발하는지 설명하기 위해 지속적인 노력하는 데이터 입니다. “지속적인 노력” 이라는 표현은 해당 유전자의 장애가 해당 암으로의 인과관계가 있다고 완벽히 설명되지 않기 때문인 것 같습니다. 하지만 새로운 증거가 밝혀지면 계속 업데이트 된다고 하고 “지속적인 노력”을 하고 있다는 것 같습니다. Cancer Gene … Read more
COSMIC 데이터 분석 시 알아야 할 것 COSMIC 데이터는 대용량 데이터로 매력적으로 보이지만 데이터가 큰 만큼 지저분하고 데이터를 해석하기 위해 알아할 내용도 많다 . 뿐만 아니라 웹페이지에서 자세히 설명하지 않은 부분도 존재하기 때문에 얼핏 봐서는 데이터를 오해하기 십상이다. 때문에 COSMIC 데이터 분석 시 알아야 할 것을 몇 가지 정리하였다. COSMIC data에서의 mutation 빈도는 실제 mutation … Read more
COSMIC 데이터베이스 사용법COSMIC 데이터베이스는 Catalogue of Somatic Mutation In Cancer의 줄임말이며 해당 주소(https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic)로 접근할 수 있다. COSMIC을 제공하는 기관은 Sanger institute이며 세계 최대 규모의 somatic variant database이다. COSMIC은 여러 저널에서의 데이터와 ICGC, TCGA, PCGP와 같은 암 데이터 포탈에서 얻을 수 있는 데이터들을 취합하였다. 때문에 암 변이에 관련된 정말 많은 정보를 COSMIC에서 얻을 수 있지만 데이터가 … Read more
COSMIC에서 사용하는 식별자 COSV와 COSM: COSMIC은 Catalogue of Somatic Mutation In Cancer의 약자이며 해당 주소(https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic)로 접근 할 수 있다.COSMIC에서는 변이를 식별하기 위해서 COSV와 COSM 두 가지를 사용한다. 간단히 말하면, COSV는 현재 사용되고 있는 변이의 식별자이며 genomic position이 있다면 무조건 COSV가 있다. 반면 COSM은 과거에 사용했던 변이의 식별자이며 genomic position 정보가 없어도 된다. 자세한 차이는 아래에 … Read more